Los mayores cambios han sido en el sector terciario donde la distribución presenta un marcado dinamismo, alimentado por el crecimiento continuo del consumo privado, la subida del salario medio, las condiciones de préstamos favorables y un creciente flujo de turismo, generado principalmente por su acceso a la UE y que viene a representar cerca del 15% del consumo interno del país.

Existen aproximadamente 4.500 puntos de venta, de los que 2.700 están dedicados a la alimentación; en los últimos años se han construido numerosos centros comerciales y hay varios en construcción. Este sector emplea a más de 80.000 personas, es decir, aproximadamente al 14% de la población activa total. Una característica típica de este mercado es que grandes mayoristas/importadores venden a su vez a otros mayoristas y, además, no es fácil distinguir entre el sector mayorista y el minorista: algunos mayoristas tienen sus propias cadenas y funcionan en los dos sectores; otros han abierto sus propias tiendas de cash&carry, algunas también dirigidas al público en general. Aunque la comercialización de los principales artículos de consumo tiene lugar a través de una pluralidad de canales, se observa una clara tendencia a la concentración e integración vertical del sector, paralela al establecimiento de los principales grupos de distribución nórdicos en el país. El sistema de cooperativas locales sigue siendo fuerte, especialmente en las zonas rurales, aunque está perdiendo peso paulatinamente, al igual que los mercadillos. El sector Horeca es muy heterogéneo y, aunque el sector mayorista es su primer proveedor y los mayoristas más destacados tienen sus cash&carries para el servicio de este sector, también hay pequeñas empresas dedicadas al aprovisionamiento de restaurantes y hoteles. Si bien los estonios prefieren comer en casa, el creciente turismo llena los restaurantes.

El transporte y la logística constituyen un sector destacado de esta economía: Estonia juega un papel clave en el tránsito de mercancías, especialmente en el de productos petrolíferos, al estar situada en los dos ejes que unen, por una parte, Rusia y Europa del Oeste y, por otra, los Países Escandinavos y Europa Central. En lo que al transporte marítimo se refiere, en 2005, por los diferentes puertos estonios pasaron 46,9 millones de toneladas de mercancías, de las que más del 80% lo hicieron por el de Tallinn, habiendo que señalar que el tránsito de productos petrolíferos tiene un papel primordial es la actividad portuaria del país. Las carreteras estonias soportaron, en 2006, un tránsito de más de 30 millones de toneladas y es el primer medio en lo que al transporte doméstico se refiere. Dado que el sistema de vías férreas está directamente conectado al ruso y al de los otros países CEI, trenes especiales para contenedores operan en la línea Tallinn-San Peterburgo-Moscú, llegando al 57% el porcentaje de mercancías en tránsito transportadas por este medio.

La infraestructura portuaria, Estonia cuenta con siete puertos comerciales, siendo el de Tallinn el más importante y estando situados cerca de la capital los otros tres más destacados: Kopli, el más antiguo y dedicado principalmente al manejo de madera; Muuga, el más moderno y situado a unos 20 kms. de Tallinn y Paljassaare, el segundo puerto más antiguo. El
Departamento Marítimo del Ministerio de Economía y Comunicaciones define la política gubernamental en materia de transporte marítimo, negocia los tratados internacionales, lleva el registro y el control de los barcos así como de la seguridad y topografía marítimas. Desde 2001, Estonia es miembro de la Organización Marítima Internacional.

La red ferroviaria, a finales de agosto de 2007 Estonia disponía de 1.000 kms. de vías férreas, funcionando en tres direcciones a partir de la estación principal de Tallinn. Hay varias sociedades privadas que, junto con otra estatal, explotan la red y entre las que destaca Eesti Raudtee, sociedad privatizada en un 66% a beneficio del grupo anglo-estonio-americano Baltic Rail Service, y que, con sus cerca de 4.000 empleados, es la más importante en lo que al transporte de mercancías se refiere. El ancho de vía es el mismo que en Rusia, Letonia y Finlandia.